Ο φάρυγγας περιλαμβάνει ρινοφάρυγγα, στοματοφάρυγγα και λαρυγγοφάρυγγα. Οι βλεννογόνοι των τριών είναι συνεχείς και ανήκουν στην ανώτερη αναπνευστική οδό. Ρινοφαρυγγικά επιχρίσματα και στοματοφαρυγγικά επιχρίσματα έχουν μόνο διαφορετικές διαδρομές δειγματοληψίας. Η δειγματοληψία από το στόμα είναι στοματοφάρυγγαΜάκτρο, η ρινική δειγματοληψία είναιρινοφαρυγγικό επίχρισμα. Επειδή όμως το στοματοφαρυγγικόμάκτρομπορεί να χειρουργηθεί ανοίγοντας το στόμα, είναι σχετικά απλό, επομένως χρησιμοποιείται πιο συχνά κλινικά, αλλά ο κίνδυνος έκθεσης του δειγματολήπτη είναι υψηλότερος.
Το τεστ νουκλεϊκού οξέος για πνευμονία του νέου κορωνοϊού μπορεί να πάρει αυτό του ασθενούςρινοφαρυγγικά επιχρίσματα, πτύελα και άλλες εκκρίσεις κατώτερου αναπνευστικού, αίμα, κόπρανα και άλλα δείγματα για εξέταση. Για το νουκλεϊκό οξύ του νέου κοροναϊού, εάν το νουκλεϊκό οξύ του δείγματος είναι θετικό, μπορεί να επιβεβαιωθεί η μόλυνση από τον ιό. Η λοίμωξη από νέο κορωνοϊό επηρεάζει κυρίως τα βρογχικά επιθηλιακά κύτταρα και τα κυψελιδικά επιθηλιακά κύτταρα. Δείγματα κατώτερης αναπνευστικής οδού, όπως εκχυλίσματα πτυέλων και αεραγωγών, θα πρέπει να χρησιμοποιούνται όσο το δυνατόν περισσότερο για να αντικατοπτρίζουν με μεγαλύτερη ακρίβεια τη μόλυνση από τον ιό.
